Дезинфекција као посебна мера представља третман физичке или хемијске дезинфекције на површинама и/или предметима који подлежу санитарном надзору и спроводе се у посебним случајевима:

• Када се створе услови и повећа ризик за преношење заразних болести, према доказаним епидемиолошким индикацијама;
• Када се приликом санитарног надзора докажу неправилности у одржавању површина и/или простора које погодују развоју микроорганизама;
• Током елементарних непогода;
• Током изливања канализације;
• Током масовних скупова;
• Током контаминације инфективним материјалом;
• Током руковања инфективним отпадом.

Након спроведене обавезне дезинфекције као посебне мере, предмети и/или просторије се могу поново користити након извршене микрообиолошке провере и званично издате потврде да не постоји ризик од присуства инфективних агенаса и узрочног јављања заразних болести.